Eine Frage, die erst im 19. Jahrhundert ernsthaft gestellt wurde. So wagte sich Leopold Würtenberger aus Dettighofen im Jahre 1871 erstmals mit einer erdgeschichtlichen Interpretation des Rheinfalls an die Öffentlichkeit. Die heute als richtig geltende Interpretation erschien damals im Neuen Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie von Stuttgart. (Heute weiss man noch mehr und ich beziehe mich im Folgenden deshalb auf einen Text vom Geologen Dr. Franz Hofmann.) Um die Entstehung des Rheinfalls zu begreifen, muss man die geologische Vorgeschichte der ganzen Umgebung analysieren.

1. Ursprünglicher Rheinlauf

In den vielen tausend Jahren hat sich der Rheinlauf aufgrund geologischer Vorgänge mehrmals bedeutend verändert. Vor etwa 200'000 Jahren floss der Rhein von Schaffhausen in westlicher Richtung durch den Klettgau. Später änderte sich der Flussverlauf und der Klettgau wurde durch Alpenschotter wieder aufgefüllt.

2. Erste Änderung des Rheinlaufs

Der Rhein floss nun nicht mehr durch den Klettgau, sondern wurde bei Schaffhausen nach Süden abgelenkt. Dabei wurde die risszeitliche Rheinrinne gebildet. Wie der Name schon andeutet, geschah dies während der Riss-Eiszeit vor ca. 120'000 Jahren. Die Rinne wurde später wieder mit Schotter aufgefüllt, bildet jedoch immer noch den heutigen Beckenabfluss.

3. Zweite Änderung des Rheinlaufs und Entstehung des Rheinfalls

Es folgte eine weitere Eiszeit, die Würmeiszeit, und der Rhein wurde erneut abgelenkt. Diesmal wurde der Rhein in weitem Bogen gegen Süden abgedrängt und erreichte oberhalb des Falles sein heutiges Bett auf hartem Malmkalk. Der Übergang von den harten Malmkalken zur leicht abtragbaren risszeitlichen Schotterrinne führte zur Entstehung des heutigen Rheinfalls. Von der ursprünglich steil abfallenden Kalksteinflanke ist heute nicht mehr viel übrig. Das wenige, das übrig blieb, sind die heutigen Rheinfallfelsen, die jedoch ebenfalls nicht mehr so standfest sind und aus diesem Grund schon zweimal saniert wurden (siehe hier).